داستان بازی فردی سیاه پوست با نام کارل جانسون یا همان CJ رانشان می دهد که پنج سال پیش به شهری که فروش اسلحه و مواد در آن آزاد بود یعنی سن اندریاس رفت او پس از پنج سال به زادگاه خود یعنی لیبرتی جایی که سرقت اتومبیل و کارهای خلاف در آن رواج دارد و خلافکاران ار انجام هیچکار خلافی ابایی ندارند باز می گردد و داستان بازی از همین شهر آغاز می شود. او در فرودگاه هنگام بازگشت به سمت خانه توسط پلیس بازداشت می شود این ماموران که خود زورگو هستند تمام پولهای کارل را از او گرفته و او را در بدترین مکان آمریکا رها می کنند.حال کارل هیچ پولی ندارد و باید از هر راهی که ممکن است کسب درآمد کند. او پس از رها شدن باید به منزل خود برود ، هنگام ورود به خانه یکی از دوستان قدیمیش که در خانه او زندگی می کند خبر قتل مادر و گروگان گرفتن خواهرش را به او گزارش می کند. کارول می فهمد که دوستش با گروه هایی سر ناسازگاری دارد از اینجاست که او برای امرار معاش و نیز انتقام خانواده خود وارد جنگ با گروه های گانگستری می شود…